Рилският манастир е един, от най-ценните и забележителни паметници на българската култура. Рилският манастир е създаден през X в. Столетия наред Рилският манастир е ревностен пазител на народния дух, език и традиции, крепител на националното съзнание.
Рилски манастир — съкровищница на самобитната народна култура и изкуство, стана Национален музей през 1961 г. и поразява със своята архитектура, стенописи и дърворезба. Постройките в Рилския манастир в днешния си вид са дело на възрожденски български майстори. Градени на три периода — от 1816 до 1848 г. , те се отличават с високо строително майсторство. Докато отвън мрачните каменни стени напомнят мощна крепост, то вътрешната част, обточена с чардаци и изписана колонада и арки, има простор и светлина. В пълен унисон с манастирския двор е монументалната архитектура на централната църква,, Рождество Богородично”, изградена в 1835 г.
Олицетворение на оригинално хрумване е формата на първата манастирска кухня — магерница, намираща се в северното крило на Рилският манастир . Тя привлича вниманието със своята конструкция от осмоъгълници, издигащи се на 22 м височина, увенчани с купол. В средата на манастирския двор се извишава единствената запазена постройка от Средновековието — Хрельовата кула от 1335 г. Тя е мощна каменна крепост с призматично тяло, извишаващо се на 23 м височина. Кулата е разделена на 5 етажа, свързани с виещи се тесни стъпала.
Рилският манастир е прекрасна галерия от стенописи, които могат да се видят по арките на дворните фасади, в гостните стаи, в четирите параклиса, в църквите из неговите околности. Тази галерия е предшествувана от най-старите по време фрески, изпълващи стените на параклиса „Преображение Христово”, заемащ горния етаж на Хрельовата кула. Интересни са стенописите на съборната манастирска църква, дело на майсторите зографи от Самоковската и Разложката живописни школи през XIX в. —Димитър Христов, Захари Зограф, Станислав Доспевски, Молерови, Тома Витанов. Наред със сцените, пресъздаващи библейската история, в църквата могат да се видят и първите творби със светски характер — портретите на ктиторите на манастира.
Монументално произведение на Самоковската дърворезбена школа е огромният иконостас в манастирската църква, украсен с ажурена резба върху орехово дърво, допълнително позлатено. Третирани са мотиви от растителния и животинския свят и сцени от църковната история. Особен интерес представляват таваните в реставрираните и подредени битово гостни стаи — Копривщенска, Тетевенска, Самоковска, Чирпанска. Заслужава внимание интериорът на монашеска килия от края на XVIII и началото на XIX в.
Откритата музейна експозиция в Рилски манастир проследява хронологично в отделни теми историята на манастира от неговото създаване до наши дни. Музеят е уреден в новопостроеното в духа на възрожденските строежи източно крило. В него са показани оригинални паметници — вещи, документи, етнографски материали, произведения на изкуството и много др. Рядка музейна реликва са глаголическите листове от X век и „Заветът” на легендарния основател на Рилската обител — Иван Рилски, български отшелник, изразител на народното недоволство срещу произволите на феодалната върхушка. „Заветът” е първият устав на монашеското общежитие, запазен в препис от XVIII век.
Особен интерес буди входната врата на старата манастирска църква от XIV век, строена по времето на феодала Хрельо. Украсена с ажурена дърворезба, разположена в редуващи се по двете и крила правоъгълни полета, изпълнени с растителни и зооморфни мотиви (лъвчета, грифони) и междинна плетеница, вратата илюстрира високото развитие на резбарското изкуство у нас през XIV век.
Тук са показани надгробната мраморна плоча на трагично загиналия севастократор Хрельо, написана на поетичен литературен език, и единствените запазени в манастира икони от Средновековието — св. Иван Рилски от XIV в. и св. Арсений от XV в.
Уникален паметник в музея е запазената в оригинал дарствена грамота на последния български владетел Иван Шишман. Издаденият в 1378 г. хрисовул със стегнатия старобългарски текст и красиви заглавки, изписани на обработена овча кожа, е ценен документ от XIV в. Грамотата завършава с подписа на цар Иван Шипшап и е скрепена със златен печат.
Изложени са турски фермани, берати и др. документа на официалната султанска власт, потвърждаващи правата на манастира. През XV в. той израства като огнище на книжовна дейност. Сред ръкописите на богослужебни книги, писани от пребиваващите в манастира по това време монаси,е и „Панагерикът” на Владислав Граматик.
Чрез интересни експонати са разкрити връзките, които Рилския манастир поддържа през вековете с Русия, Сърбия, Румъния чрез пътуващите из тези страни рилски монаси. Показани са различни църковни принадлежности, получавани като дарения от владетелите на тези страни — епитрахил от Рашкия митрополит Симеон от 1550 г., дяконски орар от XV в., две надгробни плащеници от влашкия войвода Йон Богдан — XV в.
През този период са положени основите на многовековните отношения с Русия. Пътуващите из необятната руска земя рилски монаси създават у нашия народ вярата в освободителната мисия на Дядо Иван. Връщайки се в манастира, те носят руски евангелия, икони, средства.Интересни са най-старата запазена книга от 1666 г. и иконата Казанска Богородица (XV в.). Тук са и комплектът позлатени литургични съдове, подарен от руския цар Александър II през XIX в., и сърмените, обсипани с перли, църковни одежди.
Особено ценни подаръци на Рилския манастир са Крупнишкото и Сучавското евангелие от XVI в., интересни като художествено оформени ръкописи и като произведения на българското приложно изкуство със своите обковки, работени от наши майстори златари.
През XVI-XVIII в. Рилския манастир разгръща широка просветна дейност, оправдавайки надеждите на българина за своя национална култура.Появяват се дамаскините— църковни книги, писани на близък до народа език, в които на места за първи път са дадени моменти от тежката робска участ.
Показана е и дейността на манастирската щампарница от XIX в. Сред изложените щампи могат да се видят изображения на св. Иван Рилски, св. Димитър на кон, Христос, велик архиерей, и др. Показани са металическите клишета, необходими за получаване отпечатъците, както и старата щампарска машина, доставена от Виена.
Една част от експозицията в долния етаж на музея е посветена на големия книжовник от XIX в. Неофит Рилски.
Има витрини са посветени на развитието на манастира в следосвобожденските години. Най-ценен експонат от този период е манастирската кондика, водена от 1833 до 1881 г. Книгата дава сведение за развитието на манастирското стопанство.
В горния етаж на музея са експонирани ценности на нашата книжнина и народно приложно изкуство. Изложени са старопечатни и ръкописни книги, най-старите запазени евангелия от XIII в., документи от архива на рилския манастир.
Има зала е посветена на сбирката икони, носени като подаръци от всички краища на България. Събраните икони от XVII—XIX в. са дело на български майстори. Тукса изложени накити, старинни монети и църковни утвари — използувани при религиозните обряди.
В специална витрина е поставено най-забележителното дърворезбена произведение в манастира — напрестолният кръст, работен от монаха Рафаел от 1790 до 1802 г.