Крепостта Перник заема платовидната заравненост на хълм, наричан от местното население Градо, на десния бряг на река Струма над днешния град Перник . По-удобно място за защита на населението на плодородното Пернишко поле едва ли би могло да бъде намерено — хълмът е невисок, което елиминира неблагоприятните климатични условия на високите планински върхове, а от друга страна, стръмните на места отвесни скалисти склонове го правят удобен за защита при вражески нашествия.
При проведените археологични разкопки в Перник бе установено, че мястото, върху което е изградена крепостта, е било заселено още в древнотракийската епоха, но по-късните градежи са унищожили почти напълно следите от строежите и битовата култура на тракийските заселници. Малко са и следите от селището и укреплението, издигнато на същото място през IV—VI в. пр. н. е. По-късно върху хълма се заселват славяните — от тях са открити останки от жилища.
През 809 г. хан Крум завинаги присъединява долината на Горна и Средна Струма към българската държава. Както личи от прабългарското име на воеводата на Перник Кракра, верен на една държавна стратегия, владетелят на българската държава е изпратил в Пернишкото поле заселници прабългари. И, разбира се, взима мерки за защита на населението, като възстановява, укрепва и изгражда много нови крепости — сред тях е и Перник.
Построената през IX в., вероятно между 809 и 815 г., крепост е заемала цялата заравнена площ на хълма — около 50 дка. Крепостната стена следва очертанията на платото и има обща дължина 790 м. До края на съществуването на крепостта по различни причини — повреди при военни действия, разрушения от природни бедствия и промяна във възгледите за отбраната и, в нея са правени редица преустройства, като се разграничават ясно два строителни периода — IX— XI и XI—XII в.
Крепостната стена от IX в. е изградена от грубо обработени варовикови камъни, споени с бял хоросан. Запазена е на височина до 2,70 м. В строежа и вторично са били използвани квадри от старата древнотракийска стена. На места основите и на дълбочина до 0,7 м стъпват върху останките от тракийски и византийски сгради. Интересно е, че в нито един участък основите на стената не достигат до здрава почва или скала — това свидетелства, че крепостта е построена набързо, в епоха на несигурност и военни действия. Такива са точно годините между 809 и 815.
Входът на крепостта е бил от север, но е силно разрушен от по-късен строеж върху него. Проходът на портата с ширина 4,25 м е бил фланкиран от две стени, издаващи се както навън, така и навътре в куртината. Вероятно портата е била засводена, както и други известни от това време порти, характерни за ранното българско крепостно строителство. Втори, по-малък вход от типа потерна с ширина 1,15 м е осигурявал от запад достъп до р. Струма.
Пак през този период стената е била фланкирана и с четири правоъгълни кули с различни размери и с градеж, еднакъв с градежа на стената. Най-голямата от тях е с размери при основата 7,75 х 3,5 м. Тя е свързана конструктивно със стените на една голяма гражданска постройка в крепостта и е разположена в нейната най-недостъпна част. Това е дало основание на изследователите на крепостта да предположат, че става въпрос за отбранителен комплекс — резиденция на нейния управител.
Силно земетресение през третата четвърт на XI в. причинило силни разрушения на крепостната стена — на места до основи, което е наложило тя да бъде възстановена. Това е направено с обикновен ломен камък, споен с бял хоросан. Преустроена била и главната порта. Сега проходът и (със запазена ширина) бил защитен от два бастиона с различни размери. Портата била затваряна, както личи от запазените отвори в прага, с двукрилна врата. Потерната също била разрушена от земетресението, но на нейно място била изградена стена. На друго място в западната крепостна стена била отворена нова порта с размери и устройство, подобни на главната порта, т. е. Перник през XI— XII в. имал две порти с еднакво устройство.
В Перник са разкрити и основите на десетки жилища — от VIII до XII в., — пещи, обществени постройки и девет църкви, като всички сгради са значително разрушени.
Тази археологическа картина в крепостта Перник изяснява една, макар и не толкова често срещана, но все пак обичайна за някои планински крепости съдба. Очевидно възникнала като крепост убежище, тя е запазила тази своя функция и в античната, в ранновизантийската и в раннобългарската епоха. Поради определени причини, най-вече поради настаняването в нея на висш военно-административен български управител през IX в., тя е прераснала в малко укрепено градче, преживяло сравнително безбурно византийското нашествие. И затова толкова по-странна изглежда съдбата му в края на XII в. — населението му внезапно напуснало крепостта, а не е било избито или прогонено насилствено, тъй като археологическите данни не свидетелстват за пожари, избивания, грабежи или разрушения от военни действия.
Всъщност какво се е случило? За да отговорим на този въпрос, необходимо е да разгледаме наличните писмени и археологически данни.
Името на Перник се среща за първи път в житието на Иван Рилски, където се казва, че преди да се установи в Рила , светецът живеел в пещерите край тази крепост, т. е. към средата на X в. Перник вече е съществувала. В подкрепа на това мнение се явява и откритият в Перник единствен засега у нас сребърен печат на цар Петър. Печатът е скрепявал официално писмо на българската царска канцелария до управителя на крепостта и се явява още едно доказателство, че крепостта Перник през X в. е вече център на военно-административна област и има градски характер. Фактът се потвърждава още и от описанията на българо-византийските войни по времето на цар Самуил, цар Гаврил Радомир и цар Иван Владислав, направени от византийски автори. Според тях тук през цялото това време резидирал Кракра — дясната ръка на посочените български владетели в титаничната им борба с император Василий II. През 1004 г. Перник издържал, без да бъде превзет, една дълга обсада, като под стените му загинали хиляди ромеи. През 1016 г. Василий II обсадил отново Перник в продължение на 88 дни, но Кракра отблъснал всички атаки и дочакал помощ от цар Иван Владислав, а византийският император бил принуден да се спасява с бягство. Едва след героичната гибел на цар Иван Владислав в битката при Драч, когато почти цяла България капитулирала пред Византия , Кракра се съгласил да се подчини (през март 1018 г.). Византийският хронист от това време съобщава, че освен Перник на Кракра били подчинени още 35 крепости в областта. Така крепостта била запазена от разрушения, а управителят и останал на власт, запазвайки си административните функции над определена област — свидетелство за това е големият брой печати на византийски чиновници, открити в крепостта. Според разказа на Ана Комнина през 1094 г. в Перник потърсил убежище Никифор Диоген, висш византийски сановник, опитал се да детронира император Алекси I Комнин.
На 14. VIII. 1189 г.покрай стените на Перник преминали кръстоносците от III кръстоносен поход, но не успели да го превземат. Малко след това обаче сръбският крал Стефан Неман нападнал югозападните византийски предели. Неизвестно защо гарнизонът, административният управител и населението на Перник се изтеглили без бой, отнасяйки имуществото си. Крепостта запустяла и под въздействието на времето и природните стихии започнала да се разрушава. Няколко години по-късно областта била освободена и включена отново в границите на България, но крепостта повече не била използвана. Този факт предизвиква учудване, тъй като в близост до нея, в подножието на хълма, възникнало голямо открито селище със същото име — Перник, чиито жители по принцип също са имали нужда от крепост убежище. Най-вероятното обяснение се крие в обстоятелството, че от 1189 г. до идването на османските завоеватели в края на XIV в. до Пернишката област, както и в Софийското поле, вражески войски не са достигали.
Крепостта Перник се намира на десния бряг на р. Струма, непосредствено над крайните къщи на днешния гр. Перник, при изхода на пътя за Радомир.